
Basándose en la relación de Misantla por Diego Porres de Arteaga, no se conoce fecha de fundación para éste municipio pero, se considera que tal hecho tuvo lugar entre 1540 y 1545, después de la llegada de Cortés.
La zona fue poblada originalmente por tribus totonacas. Ahí florecieron y en Papantla forjaron la cultura del Tajín o totonaca, de características propias y relevante. Para 1542 es pintado el Códice Chiconquiaco que registra los acontecimientos históricos de las región de Misantla.
Es el año de la fundación del pueblo, para concentrar y evangelizar a los nativos.
El 25 de agosto de 1544, se fija la tributación que Misantla debía pagar en el pueblo de Xalapa.

Para el 20 de enero de 1564, día de San Sebastián, la población de San Juan Misantla, por decisión de los franciscanos que evangelizaban la comarca, se traslada del paraje antiguo al nuevo, en la unión de los ríos Palchán y Misantla.
Uno de los primeros evangelizadores de la comarca fue Fray Toribio de Benavente (Motolinía) junto con fray Buenaventura de Fuenlabrada, que radicó en el pueblo de Chapultepec. La nueva fundación fue llamada Santa María de la Asunción Misantla, aunque la primera iglesia construida se dedicó a San Sebastián, destruyéndola un incendio en 1565. Siendo 8 veces Heroica por participar en las 4 intervenciones extranjeras al puerto de veracruz
En 1610 se funda la congregación del pocito de Nacaquinia.
En 1791 se da posesión de las tierras que constituyen el fundo de Misantla. El subdelegado de Misantla, Francisco Andicoechea envía a Nautla en 1812, el archivo para salvarlo de los insurgentes que amagan la población.
Victoria al convertirse en el primer Presidente la República compró las tierras de El Palmar Misanteco y Piedra Grande.
El pueblo de Santa María Asunción Misantla fue cabecera cantonal, de acuerdo a la Ley para la Organización, Policía y Gobierno Interior del Estado, expedida en 1825.
En 1831 Sebastián Camacho describe el Escudo de Armas de Misantla, en el mismo año el jefe político Ángel de Ochoa y Ortega, escribe su trabajo «Cantón Misantla», publicado en la estadística del Estado Libre y Soberano de Veracruz.
Durante la intervención francesa, Misantla se convirtió en centro de operaciones regionales en 1865.
El 5 de agosto de 1866 las fuerzas imperialistas evacuan el lugar. En este período funge como Presidente Municipal Francisco Andiochea, y como colaboradores Gustavo Prom y Toro, Antonio Vernet, Carlos Cabrera, José del Rosario Méndez, Jesús Velasco y Corneli Gil.
En 1903 se hace cargo de la jefatura política del Cantón, el ingeniero militar Francisco Canovas y Pasquel que había de construir sobre el río, el puente que lleva su nombre; el palacio municipal introduce la energía eléctrica y el alumbrado público.
El 19 de abril de 1930 se publica la declaratoria presidencial estableciendo que las aguas del río Misantla o Pueblo Viejo y sus afluentes, son de propiedad nacional.
El 14 de junio de 1932 la ranchería Banco y Mohonera se eleva a la categoría de congregación, en la denominación de Juan Jacobo Torres, y la congregación Las Lajas se denomina Ignacio Zaragoza. En el mismo año las congregaciones San Lorenzo y San Isidro, reciben los nombres de Gutiérrez Nájera y Salvador Díaz Mirón; dos años después la ranchería El Guayabal, se eleva a la categoría de congregación y recibe el nombre de Guillermo Vadillo. El 5 de abril de 1940, se expide el Decreto que la congregación Paso Viejo, se llamó Francisco Sarabia.
En 1954, la Colonia El Iris, se elevó a congregación Francisco I. Madero.
En 1960 la ranchería El Quilate, se eleva a la categoría de congregación, con el nombre de La Libertad, tres años después la congregación Temascales, se llama Venustiano Carranza.
En 1974 se inaugura la nueva carretera que unió a Misantla con la Ciudad de Xalapa.















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